les Etats-Unis installent une base militaire temporaire au Timor oriental afin de former l'armée nouvellement créée de la "plus jeune démocratie du monde". Le sentiment antiaméricain est très fort en Asie du Sud-Est, mais la menace que les milices indonésiennes font planer sur la démocratie du Timor est jugée comme une raison d'intervention suffisante. D'autant que cela permet aux Etats-Unis de poster leurs soldats à proximité de la Corée du Nord et du plus grand Etat musulman du continent asiatique.

Le ressentiment antiaméricain est cristallisé par un chef rebelle du nom de Suhadi Sadono, qui agit avec le soutien officieux d'importantes factions corrompues du gouvernement indonésien. Les guérilleros de Sadono s'emparent de l'ambassade américaine de Djakarta, prenant plusieurs dizaines de civils et de soldats en otages.

Vous êtes Sam Fisher. Votre mission n'est pas de secourir les otages, mais de détruire des documents top secrets se trouvant dans l'ambassade avant que les hommes de Suhadi ne mettent la main dessus.